冷却水在循环系统中不断循环使用，由于水温升高、流速变化、蒸发、各种无机离子和有机物质的浓缩，冷却塔和冷却水池在室外受到阳光照射、风吹雨淋、灰尘杂物的进入，以及设备的结构和材料等多种因素的综合作用，会产生很多问题。
水垢，循环水系统中最易生成的水垢是碳酸钙垢，水垢控制即是防止碳酸钙的析出。在循环水中投加阻垢剂，破坏CaCO3的结晶增长过程，以达到控制水垢形成的目的。目前常用的阻垢剂有聚磷酸盐、有机多元膦酸、有机磷酸脂、聚丙烯酸盐等，这也是目前应用最广的控制水垢的方法。
真菌，一切植物界非光合作用的有机物的总称。缺少叶绿素，不能进行光合作用，通常以其它有机物提供的代谢物为为食。冷却水系统中主要为霉菌和酵母；约10%的真菌以木头作为有机营养物来源，会导致木质构件朽蚀。真菌大量繁殖会发生粘泥危害。
离子交换树脂法
该法适于补充水量小的循环水系统间或采用，一般采用软水器也就是软化水设备。
石灰软化法，即投加石灰，使Ca(HCO3)2反应生成CaCO3沉淀提前析出。该方法成本低，适于原水（尤其是暂时硬度大的结垢型原水）钙含量高，补充水量较大的循环冷却水系统。
缓蚀剂是一种用于腐蚀介质中抑制金属腐蚀的添加剂，它用量少，不会改变腐蚀介质的性质，不需特殊投加设备，也不需对设备表面进行处理。因此，使用缓蚀剂是一种经济效益较高且适应性较强的金属防护措施。
　　在敞开式循环水系统中，常用的缓蚀剂有硅酸盐、钼酸盐、锌盐、磷酸盐、聚磷酸盐、有机多元膦酸、巯基苯并噻唑（MBT）、苯并三唑（BTA）和甲基苯并三唑（TTA）、硫酸亚铁等，并且为了减轻环境富营养化的压力，目前更趋向于使用后面几种有机膦酸盐和低磷缓蚀剂。
氧化性杀生剂是具有强烈氧化性的杀生药剂，通常是一种强氧化剂，对水中的微生物的杀生作用强烈。氧化型杀生剂对水中其它还原物质能起氧化作用，故当水中存在有机物、硫化氢及亚铁离子时，会消耗一部分杀生剂，降低他们的杀生效果。循环冷却水常用的氧化性杀生剂有：含氯化合物、过氧化合物、含溴化合物等。他们普遍具有杀菌灭藻速度快、杀生效果的光谱性、处理费用较低、对环境污染相对影响较小、微生物不易产生抗药性等优点。不足之处在于受水中的有机物和还原性物质影响较大、药效时间短、受水中pH值影响较大、分散渗透、剥离效果差。